关于承包人的索赔问题，以下哪些说法是正确的？

问题一的解析：

承包人的索赔理由是否成立需要根据合同条款和实际情况来判断。首先，承包人在签订合同时已经对现场进行了勘察，应充分考虑可能影响工程施工组织及造价的全部因素。因此，由于路线沿线情况导致的损失，承包人应承担。其次，雨季施工是常见的风险，承包人应提前做好准备，妥善安排雨季施工措施，因此由于雨季导致的损失应由承包人承担。然而，由于设计不完善导致的损失和周边财产损失，根据合同条款应由业主承担。因此，承包人的索赔理由部分成立，可得到补偿的费用为由于设计不完善导致的损失。

问题二的解析：

对于变更费用的确定，虽然合同约定了圆管涵的计量方式，但在实际施工中，由于增设圆管涵导致已填筑路基的开挖和重新填筑工作量的增加，这部分工作量应另行计量。因此，除了正常计量圆管涵外，还应根据实际发生的工程量增加开挖土方和结构物回填土方的计量细目。具体的计量方式应该是根据实际发生的工程量进行计量。