根据《房屋建筑与装饰工程工程量计算规范》（GB50854-2013），同一建筑物有不同檐高时，下列项目应按不同檐高分别列项的有（）。

根据《房屋建筑与装饰工程工程量计算规范》（GB50854-2013），同一建筑物有不同檐高时，针对各个选项的分析如下：

A. 垂直运输：同一建筑物有不同檐高时，按建筑物的不同檐高做纵向分割，分别计算建筑面积，以不同檐高分别编码列项。因此，A选项正确。
B. 超高施工增加：建筑物有不同檐高时，可按不同高度的建筑面积分别计算，以不同檐高分别编码列项。所以，B选项正确。
C. 二次搬运费：此费用是按项列，不计算工程量。因此，与檐高无直接关联，C选项错误。
D. 大型机械设备进出场及安拆：此费用是按使用机械设备的数量“台·次”进行计算，与檐高没有特定关联，故D选项错误。
E. 脚手架工程：同一建筑物有不同的檐高时，按建筑物竖向切面分别按不同檐高编列清单项目。因此，E选项正确。