砌石路基沿线遇到基础地质条件明显变化时,应设置沉降缝。这是因为基础地质条件的变化可能导致路基的沉降不均匀,通过设置沉降缝,可以有效地调整各段的沉降差异,保证路基的稳定性和安全性。因此,正确答案是D。其他选项如设置挡土墙、将地基做成台阶形、设置伸缩缝,虽然可能在某些情况下有所应用,但并不是针对基础地质条件明显变化的专门应对措施。