基本预备费费率在不同阶段有不同的计列方式。根据题目给出的信息,项目建议书投资估算按10%计列,工程可行性研究报告投资估算按9%计列,因此选项A和E是正确的。选项B、C、D的计列方式与参照解析不符,故排除。