关于水利水电工程分等说法正确的是（  ）

根据题目描述和参考答案，关于水利水电工程分等的说法中，正确的选项是：

C选项：灌溉面积56万亩，工程等别为Ⅱ等。这是因为灌溉面积是影响水利工程等级的重要因素之一，根据相关规定，灌溉面积达到一定规模时，工程等别为Ⅱ等。

E选项：指标分属几个不同等别时，以其中最高等别为准。这是正确的，因为在评价一个水利工程的等级时，需要综合考虑多个指标，如水库总库容、灌溉面积等，当这些指标分属不同的等级时，整个工程的等级应该按照最高的那个等级来确定。

因此，正确答案是C和E。