混凝土预制件厂、钢筋加工厂和木材加工厂在水利水电工地通常会被视为“综合加工厂”的一部分,因为这些厂通常根据原材料供应、交通运输、场地面积以及施工管理等条件进行联合设置或分开设置。而汽车修配厂并不属于水利水电工地“综合加工厂”的常规组成部分,因此选项D不属于水利水电工地的“综合加工厂”。