关于施工投标保证金的处理，以下哪些情况会导致投标保证金被没收？

根据题目给出的参照解析，投标保证金被没收的情况包括：投标人在投标函格式中规定的投标有效期内撤回其投标；中标人在规定期限内无正当理由未能根据规定签订合同或接受对错误的修正；中标人未按规定提交履约担保金。选项D中的“在规定期限内无正当理由拒签合同协议书”和选项E中的“中标人未按规定提交履约担保金”均符合上述描述，因此会导致投标保证金被没收。而选项A、B、C中的情况不符合没收投标保证金的条件。