在施工合同中，哪些情况会给承包人补偿利润？

根据标准施工合同的规定，可以给承包人补偿利润的情况通常包括由于发包人的原因导致工程暂停或延误的情况。选项中：

A 施工现场发现文物、化石 - 此情况一般不涉及承包人的利润补偿。

B 施工现场出现不利物质条件 - 虽然可能对工期和成本产生影响，但不一定直接导致承包人利润的损失。

C 监理人的指示延误 - 这属于发包人或监理人的责任，可能导致承包人利润的损失。

D 发包人提供的材料提前交货 - 这通常视为发包人的配合行为，并不直接给承包人带来额外的利润。

E 因发包人原因导致的暂停施工 - 这属于发包人的责任，承包人因工程暂停可能产生的利润损失可以得到补偿。

因此，根据题目描述和参考答案，选项C和E是正确的。