关于施工阶段工程款支付管理的说法，下列哪些选项是错误的？

本题考查的是工程款支付管理的相关知识。

选项A描述的是非承包人原因导致工期顺延时，调价公式在工程款支付过程中的有效性，这是符合一般工程合同约定的。因此，选项A说法正确。

选项B涉及到索赔金额在进度付款申请单中的内容。在工程实践中，索赔金额确实需要包含在进度付款申请单中进行申请和审核。因此，选项B说法正确。

选项C描述了质量保证金的用途，即用于因施工原因修复缺陷工程的开支项目，这也是符合工程管理常识的。因此，选项C说法正确。

选项D关于因承包人原因未在约定工期内竣工时，后续支付要按照原约定竣工日价格指数的说法是错误的。实际上，在这种情况下，后续支付时应采用原约定竣工日与实际支付日的两个价格指数中较低的一个作为支付计算的价格指数。因此，选项D是错误的说法。

选项E关于通用条款中监理人出具的进度付款证书的意义描述是错误的。根据通用条款，监理人出具的进度付款证书并不应被视为监理人已经同意、批准或接受了承包人完成的该部分工作。所以，选项E也是错误的说法。