在合同管理中的最终付款环节，业主应在收到经双方商定的最终报表和书面结清证明后的多少天内，向承包商支付应付的最终款额？

对于合同管理中的最终付款环节，业主在收到经双方商定的最终报表和书面结清证明后，应在56天内向承包商支付应付的最终款额。这是根据常规合同条款的规定，以确保承包商能够按时收到其应得的款项。因此，正确答案是D。