根据《标准设计招标文件》中的通用合同条款，设计合同履行过程中，发包人根据用户需求，增加了设备运行的工况条件，设计人为满足新增的设备运行工况，修改设计方案，并完成了相应设计变更工作。由此导致了设计人费用增加，修改增加的设计费用应由 ( )承担。

根据《标准设计招标文件》中的通用合同条款，发包人根据用户需求增加了设备运行的工况条件，由此导致的修改增加的设计费用应由发包人承担。因为发包人提出了需要修改设计的条件，即用户需求的增加，所以设计人为满足这些需求所做的修改和产生的额外费用应由发包人承担。因此，正确答案为D。