项目监理机构的内部工作制度有（ )。

项目监理机构的内部工作制度包括多个方面。根据题目给出的选项，我们可以分析如下：

A. 监理人员考核评比制度：这是项目监理机构内部对监理人员进行考核和评比的制度，确保监理工作的质量和效率。

B. 监理工作报告制度：虽然这是一个重要的工作制度，但它更多地属于现场监理工作制度，而不是内部工作制度。

C. 监理例会制度：是项目监理机构的内部工作制度之一，用于加强内部沟通、协调和管理。

D. 质量安全事故报告制度：同样是现场监理工作制度的一部分，用于规范对质量安全事故的报告和处理。

E. 监理人员教育培训制度：是确保监理人员具备足够知识和技能，从而有效履行其职责的内部工作制度。

综上所述，项目监理机构的内部工作制度包括：监理人员考核评比制度、监理例会制度和监理人员教育培训制度。因此，正确答案为A、C、E。