根据《建设工程监理规范》，施工单位在工程施工中拒绝项目监理机构管理的，项目监理机构应签发的文件是（）。

根据《建设工程监理规范》，当施工单位在工程施工中拒绝项目监理机构管理时，项目监理机构应签发的文件是工程暂停令。因为项目监理机构在发现施工单位拒绝管理或其他特定情况时，总监理工程师应及时签发工程暂停令，以确保工程的安全和质量。其他选项如监理通知单、监理工作联系单和监理报告，虽然可能在其他情境下使用，但在这种情况下不是适当的文件。因此，正确答案是A。