根据《建设工程监理规范》，总监理工程师应及时签发工程暂停令的情形有（）。

根据《建设工程监理规范》，总监理工程师应及时签发工程暂停令的情形包括：

A. 施工单位未经批准擅自施工的：这一选项符合规范中的情形，因为未经批准擅自施工可能违反了施工流程或规定，总监理工程师有权签发工程暂停令。

D. 施工单位未按审查通过的工程设计文件施工的：这也是规范中的情形之一。工程设计文件是施工的基础，如果施工单位未按审查通过的文件施工，可能会导致工程质量问题，因此总监理工程师需要暂停施工以进行核实和调整。

E. 施工存在重大质量事故隐患的：这一选项也符合规范，如果存在重大质量事故隐患，总监理工程师应当签发工程暂停令，以确保工程质量和安全。

而B选项“施工单位未按审查通过的施工组织设计施工”和C选项“施工单位未按审查通过的专项施工方案施工”属于签发监理通知单的情形，不符合签发工程暂停令的条件。因此，本题答案为ADE。