工程监理单位的质量管理体系文件中的第二层次文件是程序文件。在编制或修改质量管理体系文件时,通常形成三个层次文件的信息,其中第一层次文件为质量手册,第二层次文件即为程序文件,第三层次文件为作业文件。因此,答案为B。