在工程变更的控制过程中，对于施工单位提出的工程变更，由谁来组织建设单位、施工单位等共同协商确定工程变更费用及工期变化，并会签工程变更单？

在工程变更的控制过程中，对于施工单位提出的工程变更，总监理工程师负责组织建设单位、施工单位等共同协商，确定工程变更的费用及工期变化，并会签工程变更单。因此，正确答案为D。