某建设项目，建设期为三年，第一年贷款400万元，第二年贷款600万元，第三年贷款100万元，均为年初发放，年利率为10％。考虑资金时间价值，计算第三年末的本利和。

根据题目描述，该建设项目在三年内分别贷款400万元、600万元和100万元，均为年初发放，年利率为10%。考虑资金时间价值，我们需要计算第三年末的本利和。

使用复利计算方式，每一笔贷款的本利和计算方式如下：

1. 第一笔贷款（400万元）在第三年末的本利和：400 × (1 + 10%)³
2. 第二笔贷款（600万元）在第二年末的累计本利和：600 × (1 + 10%)² （在第二年末的基础上加上第三年的利息）
3. 第三笔贷款（100万元）在第三年末的累计本利和：100 × (1 + 10%) （因为第三年年初发放，所以只计算一年的利息）

将以上三部分相加，得到第三年末的总本利和：400 × (1 + 10%)³ + 600 × (1 + 10%)² + 100 × (1 + 10%) = 1368.4万元。

因此，正确答案是D，即第三年末的本利和为1368.4万元。