采用成本加酬金的工程计价方式签订工程承包合同，其显著的缺点包括哪些？

成本加酬金合同是一种工程承包的计价方式，其显著缺点在于发包方对工程总价不能实施有效的控制，且承包方对降低成本不太感兴趣。因此，这种合同计价方式存在一定的风险，需要双方在签订合同前对合同条款进行严格的约定，以加强对工程投资的控制，避免造成不必要的损失。选项A、C、E关于工程进度、工程质量以及发包方对降低成本的兴趣的描述，并非成本加酬金合同的主要缺点，故排除。因此，正确答案为B和D。