在施工阶段,监理工程师进行计量的项目包括:工程量清单中的全部项目、合同文件中规定的项目以及工程变更项目。因此,本题正确答案为ACE。而由于各种原因造成的返工项目以及超出合同工程范围施工的项目,不属于监理工程师计量的范围。