在工程计量过程中，监理人应计量的工程量包括哪些？

根据题目描述和参照解析，工程计量时，监理人应予计量的工程量包括：

B. 工程量清单中的工程量：这是基于合同条款和施工图纸进行约定的工程量，是工程计量的基础。

D. 工程变更导致增加的工程量：在工程实施过程中，由于设计修改或变更导致的工程量增加，应予以计量。

其他选项如承包人超出设计图纸要求增加的工程量（A）和有缺陷工程的工程量（C）以及承包人原因导致返工的工程量（E）在参照解析中提到并不会被计量。因此，正确答案是B和D。