根据参考答案和参照解析,总监理工程师负责组织审查承包人提出的工程变更申请并提出审查意见,因此选项A是正确的。其他选项如专业监理工程师、监理单位技术责任人和项目经理并未在题目中明确提及与审查工程变更申请相关的责任,因此不是正确答案。