承包单位在大型建设项目施工过程中遇到哪些情况可提出延长工期申请？

根据题目描述和参考解析，承包单位有权提出延长工期申请的原因包括施工图纸未按时提交（选项B）、施工现场未按时提供（选项C）和发现地下文物（选项D）。这些原因都属于可能造成工程延期的情况，监理工程师应按合同规定批准工程延期时间。而租赁的施工机械未按时到场（选项A）和分包商返工（选项E）属于承包单位自身的原因，不属于有权提出延长工期的情况。因此，正确答案为BCD。