施工单位的计划系统所包括的进度计划有施工准备工作计划、单位工程施工进度计划以及分部分项工程进度计划。选项B、D、E符合题意。而工程项目建设总进度计划和工程项目年度计划则属于建设单位的计划系统,因此选项A、C不属于施工单位的计划系统所包括的进度计划。