建筑与人防工程通常需要进行方案设计,一般分为方案设计、初步设计和施工图设计三个阶段。而工业、交通、能源、农林、市政等专业建设项目,一般分为初步设计和施工图设计两个阶段。因此,需要进行方案设计的专业工程是建筑与人防工程,答案为D。