某新建项目，建设期2年，计划向银行借款9000万元，第1年借款5000万元，第2年借款4000万元，年利率为5%，则该项目估算的建设期利息为（  ）万元。

根据题目给出的信息，该项目的建设期为2年，第1年借款5000万元，第2年借款4000万元，年利率为5%。计算建设期利息需要分别计算第一年和第二年的利息，然后相加。

第一年的利息为：5000万元 × 5% × 半年 = 125万元（因为建设期从年初开始借款，所以只需要计算半年利息）。

第二年的利息需要考虑前一年的借款余额以及本年的借款。前一年的借款余额为5000万元加上第一年的利息125万元，即5125万元。本年的借款为4000万元。因此，第二年的利息为：（5125万元 + 4000万元）× 5% = 456.25万元。考虑到建设期只有两年，第二年年底需要还本付息，所以第二年利息的实际计算时间应为半年，即（5125 + 4000 × 50%）× 5% = 356.25万元。

合计两年的利息为：125万元 + 356.25万元 = 481.25万元。因此，该项目估算的建设期利息为481.25万元，答案为C。