工程进度控制的合同措施主要包括推行CM承发包模式、严格控制合同变更、加强索赔管理。在本题中,选项A“推行CM承发包模式”、选项C“严格控制合同变更”、选项D“加强索赔管理”均属于合同措施。而选项B“及时办理工程进度款支付手续”和选项E“对工程延误收取误期损失赔偿金”属于进度控制的经济措施。