编制多级网络计划系统应遵循的原则包括整体优化原则、连续均衡原则、简明适用原则。其中,独立分解原则并不是编制多级网络计划系统应遵循的原则之一,分级隔离原则也不是相关的原则。因此,选项A和E是不正确的,而选项B、C和D是正确的。