下列哪一项是导致水利工程发生质量事故的原因中，违反了基本建设程序？

违反基本建设程序可能导致工程质量事故。其中，设计依据资料不可靠是违反基本建设程序的原因之一。其他选项如未按有关施工规范施工、计算简图与实际受力情况不符、图纸技术交底不清等，虽然也可能导致工程质量问题，但它们不属于违反基本建设程序的范畴。因此，本题答案为D。