请按照水利部现行规定的建筑工程单价计算程序，指出间接费的计算基数不包括哪一项？

根据水利部现行规定的建筑工程单价计算程序，间接费的计算基数不包括材料补差。间接费的计算基数是直接费，直接费包括基本直接费和其他直接费，其中基本直接费包括人工费、材料费、机械使用费。因此，选项D是正确答案。