水利工程工程部分费用概算编制依据包括国家及省(自治区、直辖市)颁发的有关法令法规、制度、规程,《水利工程设计概(估)算编制规定》,初步设计文件及图纸,以及有关合同协议及资金筹措方案等。选项中的B和D完全符合上述依据,而选项A也与资金筹措方案相关的合同协议有关,因此答案为A、B、D。