《目标控制（水利工程）》项目中，现行计量规范的项目编码由十二位数字组成，其中第五至第六位数字代表什么？

根据给出的解析，现行计量规范的项目编码由十二位数字构成，其中第五至第六位数字为分类工程顺序码，这是第三级编码。因此，正确答案为C。