根据题干所述,工程计量的范围应包括:工程量清单中的全部项目、已由监理人发出变更指令的工程变更项目以及合同文件中规定应由监理人现场确认的并已获得监理人批准同意的项目。因此,擅自超出施工图纸施工的工程不属于工程计量的范围。选项D正确。