关于建设工程的最低保修期限,根据相关规定,选项A中房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程应为设计文件规定的该工程的合理使用年限,而不是固定的50年。选项B的屋面防水工程为5年,选项C的供热与供冷系统为2个采暖期、供冷期,选项D的电气管线、给排水管道为2年,选项E的设备安装和装修工程为2年,都是正确的。因此,正确答案是BCDE。