监理机构在何种情况下可签发暂停施工指示并抄送发包人？

根据题目给出的情境，监理机构可签发暂停施工指示的情形包括：承包人未经许可即进行主体工程施工时，改正这一行为所需要的局部停工。因此，选项D是正确答案。而选项A、B、C虽然也可能需要暂停施工，但并不是题干中提到的情形。