发包人施工图纸存在问题时，监理机构应当（）。

根据监理机构的工作职责和流程，当发包人提供的施工图纸存在问题时，监理机构应该通过发包人返回设计单位处理。这是因为监理机构的主要职责是监督和管理施工过程中的问题，而不是直接修改或纠正施工图纸。当发现施工图纸存在问题时，监理机构应该及时向发包人报告，并通过发包人将问题返回给设计单位，由设计单位进行修正。因此，选项D是正确的。