企业投资公路建设项目建设程序中,不包括编制项目申请书或者填写备案信息并履行核准或者备案手续这一环节。这一环节是企业投资港口、航道工程建设项目的建设程序中的内容。因此,选项A是不属于企业投资公路建设项目建设程序的。而选项B、C、D均为正确的企业投资公路建设项目建设程序中的步骤。