一个港口工程项目可依据其内含的子项目分别设立码头建设、港池疏浚工程、陆域堆场建设等进度子目标，这是按照什么设立的？

根据题目描述，一个港口工程项目可以按其包含的子项目分别设立码头工程、港池疏浚、陆域堆场、装卸工艺、进港道路等工程项目进度子目标。这符合按建设项目所包含的工程项目设立工程项目进度子目标的方式。因此，正确答案是A。