工程费用监理的合同措施包括保管好各种施工图纸、往来文件,参与合同协议的补充、补签工作,以及收集工程施工记录、监理记录。这些措施都是为了更好地管理工程费用,处理好费用索赔积累资料、提供依据。而选项D属于技术措施,选项E属于经济措施,因此不属于合同措施。