在工程定额计费中，以下哪些费用是以各类工程定额人工费及定额施工机械使用费之和为基数进行计算的？

根据工程定额计费规则，冬季施工增加费、雨季施工增加费、高原地区施工增加费和风沙地区施工增加费都是以各类工程定额人工费及定额施工机械使用费之和为基数进行计算的。而行车干扰工程施工增加费则以受行车影响部分的工程项目的定额人工费和定额施工机械使用费之和为基数，这一点在题目给出的参考答案中未明确提及，但从一般的工程计费规则理解，应选择同样的基数计算方式，即选项A、B、C、D都是正确的。选项E并不是以定额人工费及定额施工机械使用费之和为基数进行计算的，因此不选。