关于该工程合同价格和支付问题

问题一：首先计算该工程的合同价，需要考虑各项费用，包括分项工程的费用、总价措施项目费用、管理费、利润与风险费以及规费、税金等。根据题目给出的数据，可以计算出合同价。然后，根据合同价和预付款比例计算出业主在开工前应支付给承包商的材料预付款和安全文明施工费工程款。

问题二：计算第3个月末分项工程的进度偏差，需要计算拟完工程计划投资累计和已完工程计划投资累计，然后进行相减得出进度偏差。

问题三：计算第5个月业主应支付承包商的工程进度款，需要根据第5个月承包商完成的工程量、综合单价、调整系数等计算出第5个月的工程款，然后乘以结算系数和支付比例，再减去材料预付款的平均扣款。

问题四：计算工程实际总造价需要考虑实际工程量变化引起的费用变化、合同规定的各项费用和税金等。质量保证金为实际总造价的百分比，竣工结算款为实际总造价减去已支付的款项再减去质量保证金。具体计算过程需要按照题目给出的数据和公式进行计算。