项目经理部可控责任成本考核指标包括项目经理责任目标总成本降低额和降低率、施工责任目标成本实际降低额和降低率以及施工计划成本实际降低额和降低率。而设计成本降低额和降低率并不包括在其中,因此,选项C是正确答案。