本题考查的是工程计量与计价的相关知识。本周期合计应扣减的金额包括本周期应扣回的预付款,而本周期已完成单价项目的金额、本周期应支付的总价项目的金额以及本周期已完成的计日工价款,属于本周期合计完成的合同价款,不应从应扣减的金额中考虑。因此,正确答案是D。