在工程合同实施过程中发生了变更事件，变更项目未包含在已标价清单中且没有类似单价和市场价格信息可供参考。承包人基于变更工程资料计算得出变更工程项目价格为10万元。已知项目招标控制价为1000万元，中标价为900万元（均含部分安全文明施工费），请确定变更工程项目的最终价格。

根据题目描述，在已标价清单中没有适用也没有类似单价，且工程造价管理机构发布的信息价格也缺价。在这种情况下，承包人根据变更工程资料、计量规则、计价办法和有合法依据的市场价格计算出变更工程项目的价格为10万元。由于这是根据市场调查和合法依据计算出的价格，因此报给发包人确认后，该变更工程项目确认的变更价格应为10万元，即选项C。