依据《陕西省建设工程工程量清单计价规则》（2009），整体地面面层工程量均按主墙间净面积以“㎡”计算，应扣除（ ）。

依据《陕西省建设工程工程量清单计价规则》（2009），整体地面面层工程量按设计图示尺寸以面积计算，应扣除凸出地面构筑物、设备基础、地沟等所占面积。选项A正确，故整体地面面层工程量均按主墙间净面积以"㎡"计算，应扣除凸出地面构筑物、室内地沟所占面积。而选项B、C、D中的间壁墙、附墙烟囱以及柱、垛所占面积在规则中并未提及需要扣除。