建筑物内的哪些部分应并入建筑物的自然层计算建筑面积？

根据参照解析，建筑物的室内楼梯、电梯井、聚物井（应视为提物井的一种）、管道井、通风排气竖井等应并入建筑物的自然层计算建筑面积。因此，选项A室内楼梯、B电梯井、D通风排气竖井和E管道井均正确，应并入建筑物的自然层计算建筑面积。而题目中的聚物井并没有明确提到属于需要计算建筑面积的范围内，因此不应选择C选项。