某工程采用工程量清单计价，施工过程中屋面防水材料变更为PE高分子防水卷材（1.5mm），清单中无类似项目。工程所在地造价管理机构发布的卷材单价、定额人工费、机械使用费、其他材料费及管理费和利润已知。承包人报价浮动率为6%，请计算该项目的综合单价，并以此为基础与发包方协商确定最终的综合单价。

本题考查的是综合单价的计算。根据题目描述，该工程采用的是工程量清单计价方式，对于变更后的屋面防水项目，需要计算其综合单价。综合单价由人工费、材料费、机械使用费、管理费、利润和风险因素等组成。题目中给出了卷材单价、定额人工费、机械使用费、除卷材外的其他材料费以及管理费和利润。承包人报价浮动率为6%，所以计算综合单价时需要考虑这一浮动率。因此，综合单价 = （定额人工费 + 卷材单价 + 机械使用费 + 其他材料费 + 管理费和利润）×（1 - 浮动率）。代入题目中的数据，计算得综合单价 = （3.5 + 18 + 0.3 + 0.6 + 1.2）×（1 - 6%）= 22.18元/m²。因此，发承包双方协商确定该项目综合单价的基础为22.18元/m²，答案为C。