根据竣工决算编制的相关流程,竣工决算的编制应由建设单位负责。工程竣工后,建设单位需要核实各项交付使用资产的建设成本,做好各项账务、物资以及债权的清理结余工作,并在此基础上编制竣工年度财务决算。因此,选项C是正确答案。