依据现行国家消防技术标准《火灾自动报警系统施工及验收规范》，在火灾自动报警系统工程质量验收中，以下哪种情况会被判定为B类不合格？

根据《火灾自动报警系统施工及验收规范》的规定，在火灾自动报警系统工程质量验收中，缺竣工验收申请报告的情形可判定为B类不合格。因此，选项A是正确的。而选项B、C、D中的情形会被判定为A类不合格。