除不宜用水保护或灭火的仓库外,下列仓库应设置自动灭火系统,并宜采用自动喷水灭火系统:（）。

根据题目描述和参考答案，单层占地面积不大于2000m²的棉花库房不需要设置自动灭火系统，因此选项A是错误的。而每座占地面积大于600m²的火柴仓库、总建筑面积大于500m²的可燃物品地下仓库、设计温度高于0℃的高架冷库和其他每座占地面积大于1500m²或总建筑面积大于3000m²的单层或多层丙类物品仓库，均应该设置自动灭火系统，并宜采用自动喷水灭火系统。所以选项B、C、D和E是正确的。