普通防火卷帘在隔热性能上有所不足，为了增强其防火分隔的效果，需要增加哪种独立的保护措施？

根据题目描述，当普通防火卷帘不能满足隔热性能要求时，需要增加独立的保护来应用于防火分隔部位。可选的保护方式包括防护冷却系统和水幕冷却系统。这两种系统都是为了冷却防火卷帘，提高其在火灾中的耐火性能。而湿式系统、雨淋系统和预作用系统与防火卷帘的配合使用不是通过冷却方式来提升其耐火性能，因此不符合题目的要求。故正确答案为A防护冷却系统和D水幕冷却系统。